記憶神殿的外圈有I~XII區共12個關卡，每個關卡上都有個灰暗的水晶，完成過關條件後觸摸水晶的話就能讓水晶恢復光芒。之後可以透過關卡中的傳送漩渦前往別區。

記憶神殿的內圈有8個傳送門幫助挑戰者到達外圈的12個關卡，但是有的傳送門會將玩家送往另一個平行空間的記憶神殿！這個平行空間很有幫助，因為可以找到原本記憶神殿12個關卡的過關條件提示。

水晶恢復光芒後，就會召喚特定的Boss，或是打開通往記憶女神的閘門。甚至有傳言水晶可以觸發秘密寶箱的秘密通道歐！